Identificación de virus de RNA en cultivos de tomate del oriente de Antioquia (Colombia) por Secuenciación de Nueva Generación (NGS) (Bioagro, 2020)
Las enfermedades de origen viral son unas de las limitantes más importantes en los cultivos de tomate, siendo reportados en el mundo cerca de 136 especies de virus que afectan esta hortaliza. En Colombia sólo se han registrado unas 15 especies de virus en tomate, lo que indica la necesidad de continuar con la caracterización del viroma de este cultivo. En este trabajo se evaluó mediante técnicas moleculares como RT-PCR, RT-qPCR, secuenciación de nueva generación (NGS) y Sanger, la presencia de virus de RNA en muestras foliares de tomate var. Chonto del oriente de Antioquia. Los resultados de NGS identificaron la ocurrencia en las muestras de los virus Potato virus Y (PVY), Potato yellow vein virus (PYVV), Potato virus S (PVS) y Potato virus X (PVX), siendo posible mediante análisis bioinformáticos el ensamblaje de los genomas completos de los virus PVX (6428 nt) y PVS (8492 nt), al presentar el mayor número de reads en el transcriptoma analizado. La infección de los cuatro virus en cultivos de tomate en esta región fue confirmada mediante pruebas RT-qPCR y secuenciación Sanger de amplicones obtenidos para la cápside viral utilizando RT-PCR convencional. Estos resultados señalan la necesidad de fortalecer los programas de manejo integrado de enfermedades virales en los cultivos de tomate del país y representan los primeros reportes formales de PVS y PVX sobre este hospedante en Colombia.
Keywords: Carlavirus; Potexvirus; RT-PCR; secuenciación; Solanum lycopersicum