Detección molecular de seis virus de ARN en brotes de tubérculos de papa criolla (Solanum phureja) en Antioquia, Colombia
Palabras clave:
Carlavirus, crinivirus, polerovirus, potexvirus, potyvirus, RT-PCR en tiempo-real, secuenciación de nueva generaciónResumen
El cultivo de papa criolla (Solanum phureja) es una de las alternativas productivas más promisorias para las regiones alto-andinas de suramérica gracias a su alta demanda interna y potencial de exportación. En Antioquia, Colombia, el cultivo se ve afectado por un complejo de virus que reducen su rendimiento y afectan la calidad de los tubérculos-semilla. En este trabajo se evaluó la incidencia de seis virus de ARN (PLRV, PVS, PVV, PVX, PVY y PYVV) en brotes de tubérculos utilizando la técnica de RT-PCR en tiempo-real (RT-qPCR). Se encontraron muy altos niveles de infección de los virus: PVS y PYVV fueron detectados en el 100 % de las muestras, PLRV y PVY en el 46,66 %, y PVX y PVV en el 40 %. La circulación de los seis virus en el oriente de Antioquia se confirmó mediante secuenciación de nueva generación (NGS), obteniéndose los genomas completos para todos los virus con excepción del PYVV, del que sólo fue posible el ensamblaje parcial de sus tres segmentos genómicos. El análisis de NGS registró la presencia del bell pepper alphaendornavirus (BPEV), lo que representa el primer registro de este virus en papa en Colombia. Los análisis filogenéticos realizados con secuencias NGS y amplicones de la cápside ubicaron a los seis virus en clados que en su mayoría estuvieron conformados por aislamientos colombianos, con niveles de identidad superiores al 95 %. Estos resultados indican la alta necesidad de establecer un programa de certificación de tubérculos-semilla de papa criolla en Colombia.
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