Análisis del pangenoma en Azospirillum brasilense

Resumen

La bacteria Azospirillum brasilense ha sido estudiada por asociarse a la estimulación de crecimiento de plantas por producción de auxinas, especialmente del ácido indol acético, además de la fijación biológica de nitrógeno. El análisis de genomas se emplea para generar una matriz de huella genómica y con ellos construir un árbol para distinguir las diferencias entre especies de este género. El presente análisis se realizó con el método de la huella genómica virtual empleando el programa VAMPhyRE. Se diseñaron sondas para detectar 19 nucleótidos y con los resultados obtenidos se generó una matriz de huella genómica a partir de la cual se construyó un árbol genómico de mínima evolución el cual reveló las relaciones filogenómicas entre las especies del género resaltando que la especie A brasilense está separada en un clado perfectamente diferenciado de las otras especies del grupo. Así mismo, el análisis permitió detectar que el genoma de A brasilense este compuesto de 19.284 genes, equivalentes a 16 % de los genes anotados y conforman el core genome de las cepas analizadas. El 27 % son genes medianamente conservados. Esta es una evidencia de la gran variabilidad genómica de la especie. Además, se generó un gráfico del genoma de la especie. Además, empleando el programa PROKKA y el método de huella genómica virtual se creó una matriz de distancias que generó un árbol filogenómico de mínima evolución, sin raíz, en forma radial mostrando que todas las cepas de A brasilense están alojadas en un mismo clado y separadas de las otras especies de este género.